Около 1550 года Костанцо Порта учился у Адриана Вилларта в Венеции, где Вилларт занимал должность великого капельмейстера базилики Сан-Марко и руководил одной из крупнейших музыкальных школ эпохи. Именно в школе Вилларта Порта получил фундаментальную подготовку в области контрапункта и полифонии, что определило его дальнейший творческий стиль и репутацию одного из самых искусных мастеров полифонической техники.
Во время обучения у Вилларта Порта также познакомился с другими учениками мастера, в частности с Клаудио Меруло, с которым впоследствии его связала многолетняя дружба. Годы, проведённые в Венеции под руководством Вилларта, оказали устойчивое влияние на творчество Порты: в его музыке всю жизнь ощущались венецианские традиции, прежде всего полихорность и сложные контрапунктические приёмы, характерные для школы Вилларта.