Джованни Кроче был учеником своего земляка Джозеффо Царлино. В 1565 году, когда Кроче было восемь лет, Царлино привёл его в качестве певчего‑контральто в капеллу собора Сан‑Марко в Венеции. Согласно сведениям, Царлино обнаружил одарённого мальчика в хоре кафедрального собора Кьоджи и перенял его под своё наставничество, обеспечив Кроче раннее профессиональное музыкальное образование.
Таким образом, обучение Кроче у Царлино началось в Кьодже и продолжилось в Венеции, где молодой музыкант формировался под руководством одного из крупнейших теоретиков и педагогов XVI века. Это ученичество определило дальнейший путь Кроче в венецианской музыкальной школе и его последующую карьеру в капелле Сан‑Марко.