Иоганн Кристиан Бах был младшим единокровным братом Карла Филиппа Эммануила Баха. После смерти их отца он переехал в Берлин, где находился под опекой старшего брата и получил у него систематическое музыкальное обучение, продолжив ранние занятия, начатые под руководством Иоганна Себастьяна. Карл Филипп Эммануил, уже известный в Берлине клавирист и композитор, стал для Иоганна Кристиана важным наставником, помогая ему освоить клавирное искусство и основы композиции. Между братьями существовали не только родственные, но и профессиональные связи: ранние успехи Иоганна Кристиана в Берлине как клавесиниста также были связаны с его обучением у Карла Филиппа Эммануила.
Их отношения, несмотря на духовную близость, испытывали определённое напряжение: переход Иоганна Кристиана в католицизм встретил неодобрение Карла Филиппа Эммануила, что свидетельствует о различии их взглядов. Однако именно обучение у старшего брата оказало существенное влияние на формирование музыкального стиля Иоганна Кристиана, ставшего впоследствии значимой фигурой раннего классицизма.