Иоганн Кристиан был младшим сыном Иоганна Себастьяна от его второго брака с Анной Магдаленой и получил от отца первые уроки музыки, хотя недолго, поскольку здоровье Иоганна Себастьяна в последние годы стремительно ухудшалось. Тем не менее именно он ввёл сына в мир музыкальной традиции семьи Бахов, дав ему первый профессиональный фундамент.
После смерти Иоганна Себастьяна юный Иоганн Кристиан продолжил обучение у старших братьев, однако воспоминание об отце осталось значимой частью его формирования как музыканта. Позднее, уже будучи признанным композитором, Иоганн Кристиан отходил от стилевых ориентиров отца, называя его «alte Perucke», что отражало не столько пренебрежение, сколько стремление к новому художественному языку эпохи классицизма.
