Иоганн Эккард в восемнадцатилетнем возрасте отправился в Мюнхен, где стал учеником Орландо ди Лассо и пел в его капелле. Обучение проходило в придворной музыкальной среде Баварии, под непосредственным руководством Лассо, который в это время уже был придворным капельмейстером герцога Альбрехта V и одним из самых известных композиторов Европы.
Совместное пребывание в Мюнхене включало и поездку Эккарда в Париж в компании Лассо, что свидетельствует о тесной связи ученика с наставником и о его включённости в рабочие и творческие маршруты мастера.