Симон Зехтер начал своё музыкальное образование в Вене в 1804 году, когда стал учеником Антонио Сальери. Учёба проходила в период, когда Сальери занимал одно из центральных мест в музыкальной жизни австрийской столицы и был признанным педагогом, оказывавшим влияние на многих музыкантов XIX века.
Обучение Зехтера у Сальери стало важным этапом его профессионального становления: под руководством известного композитора и дирижёра он осваивал основы композиции и контрапункта, что впоследствии отразилось на его карьере как музыкального теоретика и педагога. Вена того времени была крупным центром музыкального образования, и занятия у Сальери предоставили Зехтеру возможность погрузиться в ведущие музыкальные традиции своего времени.