У 1780 році Джузеппе Ніколіні, завдяки покровительству герцога Джан-Джироламо Сфорца-Фольяні, вступив до неапольської консерваторії Сант-Онофріо-а-Порта-Капуана, де навчався у видатного композитора і педагога Феделе Фенаролі. Під його керівництвом Ніколіні опановував музичну теорію та композицію.
Навчання тривало до 1784 року і стало важливим етапом формування Ніколіні як представника неаполітанської оперної школи, у якій Феделе Фенаролі відігравав одну з ключових педагогічних ролей.