Ян Калівода навчався у Фрідріха Вільгельма Піксіса під час свого перебування в Празькій консерваторії, де він у 1815 році став одним із перших її випускників. Піксіс, який з 1811 року працював професором консерваторії та мав значний вплив на формування празької скрипкової школи, був його наставником з гри на скрипці та, ймовірно, музичної інтерпретації.
Навчання під керівництвом Піксіса стало важливим етапом розвитку Каліводи як скрипаля та композитора, що згодом сприяло його професійному становленню та успіху в музичному житті Праги й Європи. Саме в цей період молодий музикант здобув фундаментальні виконавські навички, які визначили подальшу траєкторію його творчої кар’єри.