Йоганн Крістіан Бах був молодшим єдинокровним братом Карла Філіппа Еммануїла Баха.
Після смерті батька Йоганн Крістіан переїхав до Берліна, де навчався у свого старшого брата Карла Філіппа Еммануїла, який на той час уже здобув славу одного з найвидатніших клавірних виконавців Європи. Карл Філіпп Еммануїл наглядав за музичним вихованням молодшого брата, допомагав йому опановувати клавірну техніку та спрямовував його перші композиторські спроби. Саме під його керівництвом Йоганн Крістіан уперше досягнув успіху як клавесиніст і удосконалив ранній композиторський стиль, що згодом дав йому змогу продовжити навчання в Італії. Стосунки між братами ускладнилися після переходу Йоганна Крістіана з лютеранства до католицтва, який Карл Філіпп Еммануїл сприйняв негативно, вважаючи це порушенням сімейних традицій.
