У церкві св. Себальда Пахельбель здобув перші навички гри на органі під керівництвом Георга Веккера, який був органістом цього храму та одним із провідних педагогів нюрнберзької музичної традиції.
Веккер, учень Кіндермана і знаний наставник клавішників та композиторів, навчав Пахельбеля основам гри на клавішних інструментах і композиції, ставши одним із його ранніх учителів. Пізніше Пахельбель успадкував Веккера на посаді органіста церкви св. Себальда, що засвідчувало високу оцінку його майстерності серед міської громади.