Йоганн Шелле навчався у Генріха Шютца в дитячі роки, коли з 1655 по 1657 рік був співаком у саксонській капелі в Дрездені. Саме в цей період він перебував під безпосереднім керівництвом Шютца як його учень, здобуваючи перший професійний музичний досвід.
Після завершення цього етапу навчання Шютц дав Шелле рекомендацію, завдяки якій у 1657–1664 роках молодий музикант продовжив співати у Вольфенбюттелі, що свідчить про глибоку довіру та підтримку з боку його наставника.