Сергій Никифорович Василенко навчався в Московській консерваторії, яку закінчив у травні 1901 року із золотою медаллю; композиції навчався у Михайла Михайловича Іпполітова-Іванова.
У Московській консерваторії Михайло Михайлович Іпполітов-Іванов викладав гармонію, інструментовку та композицію; серед його учнів названо С. Василенка.